ネイチャーアクアリウムでは、水槽の選択も重要なポイントになる。水槽のサイズや縦横の比率によって、レイアウトの方法が変わってくるためである。ネイチャーアクアリウムにおいて最も使用頻度が高い水槽のサイズは、60cm水槽(W60×D30×H36cm)と90cm水槽(W90×D45×H45cm)である。60cm水槽は一般に標準的な水槽サイズと考えられているが、ネイチャーアクアリウムでは小型水槽の部類に入る。
初めての方は、小さな水槽のほうがレイアウトがつくりやすいと考えがちだが、レイアウト素材や水草のサイズを考えると、実際には60cm水槽や90cm水槽のほうがレイアウトはつくりやすいと言える。縦横の比率から見ても60cm水槽で1:1.67、90cm水槽で1:2とバランスがよく、どんなレイアウトでもつくりやすい。これに対して、幅が大きくなる120cm水槽(W120×D45×H45cm)や180cm水槽(W180×D60×H60cm)は、パノラマ的な比率であるため、広大な草原をイメージした石組レイアウトなどに向いている。
逆に標準よりも高さが大きくなるハイタイプ水槽は、流木を立てて使うような迫力のあるレイアウトやオープンアクアリウムに向いている。
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