水槽に水を入れる際にアクアソイルの粒子が舞い上がってしまったり、ろ過槽の状態が悪いと水槽の水が濁ることがある。水槽で発生した濁りの対策としては、まず原因を見極めることが重要である。水槽に水を入れた直後から水が濁っているのであればそれは明らかに底床から舞い上がった細かい粒子が原因と考えられる。このような場合には、一度水をすべて抜いて新しい水を静かに注ぎ、ある程度濁りが薄くなってからフィルターを回しておくと濁り続けることは少ない。

また、外部式フィルターの吸水部が底床に近い場合や、出水部からの水流が底床に直接当たっている場合にも濁りが長引くことがある。この場合は、吸水と出水の位置を改善した上で、クリアダッシュを併用するとさらに効果的である。ろ過の不調が原因の場合は、特に濁りが長引きやすい。これは浮遊性のバクテリアや藻類の増殖が原因であり、フィルターの中にこれらを捕食する原生動物が少なくなると発生する。

この原因による濁りを根本的に解決するには、好気的な微生物のケアが重要である。夜間消灯時には必ずエアレーションを行って溶存酸素量を増やし、さらに水槽にバクター100を添加すると回復が早まる。

水槽セット初期に発生しやすいのが、褐色の珪藻の仲間である。綿状あるいは薄い膜状で、水草を始め水槽内の至る所に付着する。綿状の珪藻は細めのホースなどで吸い出すこともできるが、薄い膜状に広がったものは人為的に取り除くことが難しい。そのため、ヤマトヌマエビを早い時期に水槽に入れるようにしたい。次に発生しやすい緑藻にはいろいろなタイプのものがあるが、最も一般的なのはアオミドロなど糸状の藻類だろう。アオミドロ以外にも、緑色の細かい毛のような藻類や、黒くて硬いヒゲ状の藻類などがある。これらの藻類の増殖が著しい場合には、細めのホースで吸い出したり、使い古しの歯ブラシなどで絡め取ったり擦り落とすなどして、人為的に量を減らす。後は、取りきれなかったものをヤマトヌマエビなどに食べさせるようにすると、効率よく藻類を減らすことができる。

また、石や流木に付きやすい黒いヒゲ状の藻類は硬く生長するとヤマトヌマエビも食べなくなるが、サイアミーズ・フライングフォックスはこのような硬い藻類もよく食べるので、早い時期から水槽に入れておくと発生の予防にもなる。藻類の中で最も厄介な藍藻は、水槽で発生する藻類の中でも特殊な存在である。藍藻は濃い青緑色をしていて、水草を覆うように膜状に広がり、空気中に出すとカビ臭に似た独特の臭気がある。藍藻の発生は、ろ過槽や底床の状態と密接な関係があり、ろ過槽や底床の状態が悪くなると発生しやすい傾向がある。したがって、藍藻が発生した場合は、まずろ過槽を開けてろ材を洗うなどの処置をする。ろ材を新しくした直後に発生した場合は、微生物の発生を促すため水槽にバクター100を添加し、夜間消灯時には強めのエアレーションを行うようにする。

ろ過槽内の微生物が健康に働いている水槽では、藍藻は増殖しにくい傾向があるためである。また、底床の状態が悪化して嫌気的な環境になっていると、底床の中から藍藻が増殖してくることもある。その場合は、底床に水で溶いたバクター100とぺナックW／アクアリウム用をスポイトなどで注入して、底床内の嫌気的な状態を改善する。水草や底床に広がった藍藻は細めのホースで吸い出し、その後、藍藻があった場所にフィトンギットをスポイトで吹き付けるように添加しておくと再発を予防できる。フィトンギットには天然の殺菌成分が含まれており、菌類に近い構造の藍藻には特に効果があると言えるのだ。

魚を健康に飼育するには、何より水槽の水質が重要になる。フィルターを新しくセットした場合、セットから2〜3週間は生物ろ過が十分に機能していないため、亜硝酸が高濃度で検出されることがある。亜硝酸は魚に対する毒性が強いため、少なくても亜硝酸が検出されないようになってから水槽に入れるようにする。水槽に魚を入れる際に、観賞魚店の販売水槽の水質と魚を入れようとする水槽の水質が大きく異なると、魚に悪影響がある。特にPHの違いは魚への影響が大きく、PHが急変すると魚は目や体表の粘膜が白く変色し、PHショックと呼ばれる状態になる。

そのため、水槽に魚を入れる場合には水槽にビニール袋ごと浮かべる温度合わせのほかに、袋の水と水槽のPHを確認し、水合わせも丁寧に行うようにする。また、購入した直後の魚は、網ですくわれた際に体表が傷んでいることがあるので、水槽にリオベースを添加してトリートメントするといいだろう。特に、移動直後に病原菌などに感染しやすいラスボラの仲間の場合、フィトンギットやマラカイトKなど殺菌効果のある添加剤も有効である。この場合、水50Lに対してマラカイトKl本、フィトンギット5ｍｌが添加の目安である。